Tunnisteellisen aineiston käsittely vaatii erityistä huolellisuutta.
Henkilötietoja tulee kerätä vain siinä määrin kuin on välttämätöntä tutkimuksen toteuttamiseksi. Henkilötietoja ei saa kerätä vain siltä varalta, että ne saattavat olla hyödyllisiä. Henkilötietojen keräämiselle tulee aina olla suunniteltu tutkimuksellinen tarve.
Epäsuorat tunnisteet: tiedot, jotka yksin eivät riitä tunnistamiseen, mutta yhdistettynä voivat mahdollistaa henkilön tunnistamisen. Tavallisimpia epäsuoria tunnisteita ovat kvantitatiivisen aineiston taustamuuttujat ja laadullisen aineiston henkilöitä koskevat taustatiedot kuten sukupuoli, ikä, koulutus, ammattiasema, kotitalouden koostumus, tulot, siviilisääty, kieli, kansallisuus, etninen tausta, työpaikka tai koulu sekä asuinaluetta koskevat muuttujat, joita voivat olla esimerkiksi postinumero, kaupunginosa tai kunta. Myös päivämäärä voi olla epäsuora tunniste.
Tunnisteellisia aineistoja voi käyttää tieteelliseen tutkimukseen silloin, kun se on tarkoituksenmukaista, suunniteltua, asiallisesti perusteltua ja tietojen käsittelyyn on laillinen käsittelyperuste (esimerkiksi tutkittavan suostumus tai yleisen edun mukainen tutkimus).
Tunnisteellisten tutkimusaineistojen käsittelyn tulee olla suunnitelmallista ja huolellista. Tutkittavien yksityisyyden suojaa ei saa vaarantaa esimerkiksi aineiston huolimattomalla säilyttämisellä tai suojaamattomilla sähköisillä siirroilla.
Henkilötietojen käsittelyn yleisiä suojatoimia ovat pseudonymisointi, anonymisointi ja säilytyksen rajoittaminen.